As principais causas da doença são:
1) Doença da tiroide (a causa mais comum). Este é um processo autodestrutivo em que o sistema imunológico do corpo ataca as células da tireoide como se fossem células estranhas. A forma mais comum é conhecida como “tireoidite de Hashimoto”.
2) Tratamento de iodo radioativo, ou cirurgia, para corrigir hipertireoidismo ou para tratar câncer de tireoide
3) Medicamentos antitireoidianos
4) Medicamentos como o lítio (para transtornos mentais) e amiodarona (para problemas cardíacos particulares)
5) Alguns medicamentos com alto nível de iodo, contra a tosse.
6) Um mau funcionamento da glândula pituitária
7) Radiação para câncer de cabeça e pescoço
Pessoas que já tiveram algum dos diagnósticos seguintes poderão ter maior chance de ter hipotireoidismo: intolerância ao glúten, Bócio, Diabetes Tipo 1, Doenças autoimunes, Doença de Crohn, Esclerose múltipla (MS) e Níveis elevados de colesterol.